但保障性住房的投资会在实施过程中遇到一系列问题。例如地方政府对增加保障性住房投资的积极性不高。从2005年以来，中央一再强调调整住房结构，完善住房保障制度，但在落实过程中没有有效调动地方政府的积极性，成效并不明显。2007年国务院24号文件明确规定，各级政府应该将至少10%的土地出让金用于保障性住房投资，但该文件已经出台一年多了，大多数城市都没有做到这一点。原因并不复杂，保障性住房投资不仅需要资金，而且需要白白拿出土地。2009年的地方财政收入增长将放慢，土地出让收入也将比2007年大幅度减少，在此背景下地方政府对于保障性住房投资的积极性会更低。
为此，我们建议中央财政设立住房保障专项基金。如果中央财政设立住房保障专项基金，对地方政府住房保障的投资给予贴息或转移支付，可以有效调动地方政府在增加保障性住房方面的投资积极性。
另外，增加保障性住房投资与存量商品住房投资的矛盾。当前，商品住房的存量投资相当大，按照在建工程的面积计算约20亿平方米，总投资约5亿元人民币，2008年商品住房的销售比2007年明显减少，开发商资金周转出现明显紧张，增加保障性住房投资将使商品住房的销售更加困难。
根据初步测算，在北京、上海等城市，现在已经建成的商品住房都是三年前买的土地，有较大的降价空间，在2007年底的价格基础上降价40%左右开发商并不会亏损。政府可以跟开发商议价（按照成本价格逆向拍卖）买下，将开发商房子作为经济适用房出售给符合条件的居民。此举可以缓解开发商的资金紧张局面，还可以减少政府建房的时间及人力成本。
当然，政府逆向回购商品住房的关键是操作程序上需要确保“公开、公平、公正”，防止暗箱操作。
一直以来，保障性住房在分配过程中存在突出问题，政府对低收入群体的政策优惠有可能被高收入者侵占。目前的经济适用房在运行过程中出现很多弊端，其关键在于管理及分配上存在问题。可以通过两条途径解决这些问题，一是严格限制经济适用房的单位户型面积，可以控制在一定范围内（如50平方米左右）；二是对保障性住房采取封闭式运行，禁止在二级市场自由买卖经济适用房。居住在经济适用房里的居民收入水平提高后，只允许将经济适用房卖给政府，由政府按照适当的价格回购。此举可以有效杜绝个别人在经济适用房制度上的寻租行为。
我们还建议将住房保障制度的覆盖面扩大到当年新增住房面积的20%以上，让30%左右的低收入群体享受政府的政策优惠。（编辑：房若隔世）